У меня тоже Internet Explorer (версия 6.0.2900.2180), popup'ы блокирует хорошо (настройки на вкладке "Конфиденциальность").
Вообще применение IE стоит под большим вопросом. Этот браузер хорош для offline просмотра страниц. Для сёрфинга лучше используй Opera 8.02 Браузер надёжный, отлично блокирует окна, есть 2 способа резки баннеров (по CSS и с помощью URL Filter File). Можно настроить под запрет загрузки *.js, *.swf, *.ico, *.css и т.д. Экономить трафик можно