Подскажите, замедляется ли работа системы, если системный диск зашифрован программой TrueCrypt?

Конечно! Да и вообще любая дополнительная нагрузка замедляет систему...
Другое дело что тут шифруется сам диск и службы защиты естественно запускаются с виртуала и работают в фоновом режиме, алгоритмы шифрования AES (256-bit key), Serpent (256-bit key), Twofish (256-bit key) были уже давно разработаны и для современных машин в принципе быстро выполняются. Самый быстрый AES он же Rijndael, самый медленный Twofish...
Это я как можно проще.. Короче много от машины зависит и от метода шифрования. XTS-режим самый безопасный ну и притормаживающий соответственно, нежели режимы CBC и LRW которые "на лету".