Уважаемые форумчане, подскажите может ли программа Hiren's BootCD 9.5 работать с жесткими дисками, у которых файловая система NTFS?(Или она работает только с ДОСовскими дисками?)

Хотя и немного криво, но может. Для этого при загрузке нужно положительно ответить на вопрос о драйвере NTFS.
Там по идее можно выбрать только чтение или чтение/запись.
Во втором варианте есть риск получить проблемы с ФС на винте.

middleman, а есть программа подобная Hiren's BootCD сделанная специально для работы с NTFS?

Hiren`sBootCD - это не программа, а сборник программ. Какие-то из них работают и под NTFS(а может и все). Смотря чего нужно делать. Я хард на н/буке восстанавливал под NTFS с пом. Hiren`s; не помню чем, кажись Акронисом.